Liječenje korijena zuba (endodoncija) neophodan je postupak u situacijama kad je karijes dosegao do središta zuba – pulpe, u kojoj se nalazi splet živčanih vlakana zajedno sa krvnim žilama. Jedan od prvih simptoma prodora bakterija do središta zuba je bol, koja se javlja na toplo i hladno i ne prestaje. Uz to se javlja bol prilikom žvakanja i nerijetko pacijenti ne mogu odrediti koji je zub u pitanju. Također zub može u potpunosti biti bezbolan, zbog sporonapredujuće infekcije.

Bakterije tada napreduju kroz korijenski kanale do kosti i tamo uzrokuju upalu, tzv. periapikalnu leziju. Periapikalna lezija može neko vrijeme mirovati, ali isto tako, može rasti bez uzrokovanja simptoma ili simptomi mogu biti toliko slabi da ih pacijenti jedva osjete.

U situacijama kad periapikalna lezija ima tendenciju rasta, može preći u akutnu fazu koju prate otok i veliki bolovi, a nekad se ispoljava tiho u obliku fistule. U svim tim situacijama, terapija izbora je liječenje korijena zuba ili vađenje zuba. Ako periapikalna lezija i nakon punjenja korijenskih kanala nastavlja svoj rast, potreban je mali operativni zahvat – apikotomija, kojim se uklanja vršak korijena zuba zajedno sa periapikalnom lezijom.